Запуск MPI задания с использованием команд edg

MPI задание выполняется параллельно на нескольких узлах. На уровне JDL оно отличается от заданий другого типа прежде всего особым значением атрибута JobType("MPICH") и наличием атрибута NodeNumber (определяющим, сколько узлов требуется заданию).

[catania01@glite-tutor Other]$ cat mpi.jdl 
  [
   Type = "Job";
  JobType = "MPICH";

  Executable = "MPItest.sh";
  Arguments = "cpi 5";
  NodeNumber = 5;

  StdOutput = "test.out";
  StdError = "test.err";

  InputSandbox = {"MPItest.sh","cpi"};
  OutputSandbox = {"test.err","test.out","executable.out"};

  #Requirements   = other.GlueCEInfoLRMSType == "PBS" || other.GlueCEInfoLRMSType == "LSF";
  Requirements   = other.GlueCEInfoLRMSType == "PBS";
  ]

Бинарный файл cpi и исполняемый скрипт могут быть получены с сайта GILDA при помощи следующих команд.

  wget --no-check-certificate https://grid.ct.infn.it/twiki/pub/GILDA/MPIJobs-withedgcommands/cpi
  wget --no-check-certificate https://grid.ct.infn.it/twiki/pub/GILDA/MPIJobs-withedgcommands/MPItest.sh

Запустите задание на выполнение, проверьте процесс выполнения задания, а также выходные файлы при помощи обычных команд edg-. Какие команды используются при этом можно посмотреть здесь.

[catania01@glite-tutor Other]$ edg-job-submit mpi.jdl 

  Selected Virtual Organisation name (from proxy certificate extension): gilda
  Connecting to host glite-rb.ct.infn.it, port 7772
  Logging to host glite-rb.ct.infn.it, port 9002


  *********************************************************************************************
                               JOB SUBMIT OUTCOME
   The job has been successfully submitted to the Network Server.
   Use edg-job-status command to check job current status. Your job identifier (edg_jobId) is:

   - https://glite-rb.ct.infn.it:9000/RofBZVm2YL5StPsyRNMA7w


  *********************************************************************************************

  [catania01@glite-tutor Other]$ edg-job-status  https://glite-rb.ct.infn.it:9000/RofBZVm2YL5StPsyRNMA7w


  *************************************************************
  BOOKKEEPING INFORMATION:

  Status info for the Job : https://glite-rb.ct.infn.it:9000/RofBZVm2YL5StPsyRNMA7w
  Current Status:     Scheduled 
  Status Reason:      Job successfully submitted to Globus
  Destination:        grid-ce.bio.dist.unige.it:2119/jobmanager-lcgpbs-short
  reached on:         Wed Mar 14 10:39:21 2007
  *************************************************************

[catania01@glite-tutor Other]$ edg-job-get-output https://glite-rb.ct.infn.it:9000/RofBZVm2YL5StPsyRNMA7w

  Retrieving files from host: glite-rb.ct.infn.it ( for https://glite-rb.ct.infn.it:9000/RofBZVm2YL5StPsyRNMA7w)

  *********************************************************************************
                        JOB GET OUTPUT OUTCOME

   Output sandbox files for the job:
   - https://glite-rb.ct.infn.it:9000/RofBZVm2YL5StPsyRNMA7w
   have been successfully retrieved and stored in the directory:
   /tmp/catania01_RofBZVm2YL5StPsyRNMA7w
  *********************************************************************************

Выходной файл задания можно просмотреть командой

  cat /tmp/catania01_RofBZVm2YL5StPsyRNMA7w/test.out

РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ НАУК

ПЕТЕРБУРГСКИЙ ИНСТИТУТ ЯДЕРНОЙ ФИЗИКИ

им. Б.П.Константинова

Запуск MPI задания с использованием команд edg